有机肥生产设备主要是发酵部分和生产造粒部分。有机肥原料即便是发酵比较好，造粒也比较困难，因为有机原料的特点是原料粗糙，较轻，粘结率比较低。不同的有机原料都有不同的特点，因此选设备时，应特别慎重，不然不但会影响产量，而且造出的产品外表也达不到要求的完美度。
设备的选择需注意的几大关键因素:发酵的方式、何种有机原料、机械化程度，年产量。有机肥内在品质做得好坏主要看发酵部分及产品的配方。发酵部分的关键因素有:微生物、碳氮比、碳磷比，水分，PH值、曝气控制。如果一种因素控制不好就会产生不发酵，发酵不完全，或是发酵时间长的状况。有机无机复合肥产品配方和无机肥一样也要根据不同的土壤，不同的作物配方也有差别。如果发酵充分配方得当，效果比无机肥还好，造价低，并且为绿色肥料，还能改良植物生存的环境和土壤的团粒化。